تتضمن منهجية التدريب على إعداد المذكرة مراحل علمية منظمة تبدأ باختيار الموضوع وتحديد الإشكالية، مروراً بجمع المادة العلمية وصياغة الخطة، وصولاً إلى التحليل، التهميش، والكتابة النهائية. تهدف هذه المنهجية إلى ضمان موضوعية، دقة، وتكامل البحث العلمي (البناء النظري والتطبيقي) وفق المعايير الأكاديمية المتفق عليها